Protein Docking（HDock）

1 简介

HDOCK^1,2,3采用快速傅里叶变换（FFT）基础的全局搜索方法，通过改进的形状互补性评分方法进行采样。在对接过程中，将一个分子（如受体）固定，另一个分子（如配体）在三维欧拉空间中均匀旋转。对于配体的每种旋转，将受体和配体映射到网格上，并通过FFT方法在三维平移空间中穷尽采样可能的结合模式。一般情况下为刚体对接，不过可以提供结合位点的残基信息作为约束条件，间接处理柔性问题。

图1. HDock的整体架构

图2. HDock的性能表现

2 参数说明

Name	Description
partner1	partner1蛋白的PDB文件。
partner2	partner2蛋白的PDB文件。
spacing	平移网格间距。
angle	旋转角度间隔。
nmax	输出结果数量。
rmsd	聚类RMSD截断值。
rsite	受体的结合位点残基。
lsite	配体的结合位点残基。
restr	相互作用氨基酸之间的距离约束。

3 结果说明

HDock预测partner1与partner2对接后的复合体构象

包括两类文件，.pdb后缀文件为预测的复合体构象文件，score.csv为HDock对预测出来的复合体构象进行评分，其中分数越低代表结合能力越强。对接分数是通过知识基础的迭代评分函数ITScorePR⁴或ITScorePP⁵计算得出的。更负的对接分数意味着更可能的结合模型，但该分数不应被视为两个分子之间的真实结合亲和力，因为它尚未与实验数据进行校准。

4 参考文献

[1] Yan Y, Tao H, He J, Huang S-Y.* The HDOCK server for integrated protein-protein docking. Nature Protocols, 2020. https://doi.org/10.1038/s41596-020-0312-x
[2] Yan Y, Zhang D, Zhou P, Li B, Huang S-Y. HDOCK: a web server for protein-protein and protein-DNA/RNA docking based on a hybrid strategy. Nucleic Acids Res. 2017;45(W1):W365-W373. https://doi.org/10.1093/nar/gkx407
[3] Yan Y, Wen Z, Wang X, Huang S-Y. Addressing recent docking challenges: A hybrid strategy to integrate template-based and free protein-protein docking. Proteins 2017;85:497-512. https://doi.org/10.1002/prot.25234
[4] Huang S-Y, Zou X. A knowledge-based scoring function for protein-RNA interactions derived from a statistical mechanics-based iterative method. Nucleic Acids Res. 2014;42:e55. https://doi.org/10.1093/nar/gku077
[5] Huang S-Y, Zou X. An iterative knowledge-based scoring function for protein-protein recognition. Proteins 2008;72:557-579. https://doi.org/10.1002/prot.21949